PENGENALAN BAHAN-BAHAN ANALISIS MOLEKULAR
Fuzi Muchlissoh1), Muhammad Faiz 1), Mutia Afifah1) Ratna Lestyana Dewi1) ,
Rizky Hastuti Purwaningsih1) drh. Rr. Bhintarti Suryo Hastari,
M. Biomed2) Maulana Malik Assayiddin3), Puri Dwi
Nurmaulida 3)
1)Mahasiswa Program Studi Biologi
2)Dosen Praktikum Biologi Molekular Prodi
Biologi
3)Asisten Dosen Praktikum Biologi
Molekular Prodi Biologi
Program Studi Biologi
Fakultas Sains dan Teknologi
Universitas Islam Negeri Syarif
Hidayatullah Jakarta
Abstrak
Larutan adalah
campuran homogen antara dua zat atau lebih yang berbeda jenis. Tujuan praktikum ini untuk memahami
karakteristik bahan yang digunakan serta dapat menyiapkan beberapa larutan yang
akan digunakan, seperti 5 M NaOH, 0,5 M EDTA-Na2, 1 M Tris-HCl pH
7,5, 25% larutan sukrosa, 20% SDS, 5 N NaCl, 10 x buffer TE, dan 10 x bufer
TAE. Alat
yang digunakan adalah neraca analitik, hotplate-magnetic stirrer, lemari asam
(fume hood), pH meter, mikropipet, vortex, waterbath, gelas beaker 100 ml,
Erlenmeyer 100 ml, gelas ukur 100 ml, labu ukur 50 ml dan 100 ml, autoklaf.
Bahan yang digunakan adalah sodium hidroksida (NaOH), ethylene diamine tetraacetic acid disodium salt (EDTA Na2),
Trisma base, Asam klorida (HCl), sukrosa, sodium
dodesil sulfat (SDS), Asam Asetat glasial, Sodium klorida (NaCI), Akuabides
(ddHH2O), tabung sentrifuga 15 ml dan 50 ml, botol reagen 250 ml. Hasil yang diperoleh adalah fungsi
buffer pada elektroforesis yaitu mengaktifkan DNA, menjaga pH dan memberikan
ion untuk membantu konduktivitas.
Kesimpulan yang didapat adalah bahwa karakteristik bahan yang dimiliki
berbagai macam larutan berbeda-beda, seperti NaOH yang bersifat basa kuat bila
dilarutkan dalam air, buffer Tris-HCL dengan EDTA yang berfungsi sebagai
penstabil DNA atau RNA, sebab DNA atau RNA memiliki sifat berupa asam lemah.
Abstract
Solute
is homogene mix between two or more different substances. The aim of this
observation is to learning the
characteristics of material which used and to preparing some solutes such as 5
M NaOH, 0,5 M EDTA-Na2, 1 M Tris-HCl pH
7,5, 25% sucrose solutes, 20% SDS, 5 N NaCl, 10 x TE and TAE buffer. The tools which used are analitic scale,
hotplate magnetic stirrer, fume hood, pH meter, micropipet, vortex, waterbath,
beaker glass 100 ml, Erlenmeyer 100 ml, measuring cylinder 100 ml, volumetric
flask 50 ml and 100 ml, and autoclaf; the materials are sodium hidroxide (NaOH), ethylene diamine
tetraacetic acid disodium salt (EDTA Na2),
Trisma base, chloride acid
(HCl), sucrose, sodium dodesil sulfat (SDS), glacial acetate
acid, sodium chloride (NaCI), Aquabides (ddHH2O), centrifuge cylinder
15 ml and 50 ml, and reagan bottle
250 ml. The result is function of buffer in electrophoresis is
to activating the DNA or RNA, stabilize the ph, and give the ion to help the
conductivity. The conclusion is the characteristics in each materials is
different like NaOH which has strong base characteristic, stabilizer Tris-HCl
with EDTA, and many more.
Keywords:
DNA, EDTA, Tris-HCl, SDS
================================================================================
I.
PENDAHULUAN
Pengenalan alat
dan persiapan bahan merupakan hal mendasar
yang harus dilakukan sebelum melakukan suatu praktikum. Persiapan bahan
menjadi salah satu faktor penting karena suatu bahan memiliki jenis dan
karakteristik tertentu. Salah satu bahan-bahan yang harus disiapkan sebelum
melakukan analisis molekuler adalah larutan. Larutan adalah campuran homogen
antara dua zat atau lebih yang berbeda jenis.
Terdapat dua komponen zat dalam pembuatan larutan, yakni zat terlarut
dan zat pelarut. Fasa larutan dapat berupa fasa cair atau gas tergantung pada
dua sifat komponen larutan tersebut. Zat yang berbeda dalam jumlah terbanyak
biasanya adalah pelarut, sedangkan zat yang lainnya disebut zat terlarut
(Sudarmadji et al, 1997).
Terdapat tiga
jenis partikel penyusun suatu zat, yakni partikel padat, cair, dan gas.
Perbedaan partikel zat terlarut dan zat pelarut dalam suatu larutan cenderung
menghasilkan larutan yang bersifat heterogen (Lodish et al, 1995). Pembuatan
suatu larutan harus memperhatikan konsentrasi larutan, meliputi Molaritas,
Normalitas, molalitas, persentase larutan dan “kali” atau pengenceran. Larutan
yang sering dibutuhkan dalam analisis molekuler adalah larutan stok dan larutan
buffer (Chang, 2004).
Larutan stok
merupakan larutan yang berisi satu atau lebih komponen media yang
konsentrasinya lebih tinggi daripada konsentrasi dalam formulasi media yang
akan dibuat. Larutan stok biasanya dibuat dengan konsentrasi 10, 100, atau 1000
kali lebih pekat. Jika larutan stok dibuat maka pembuatan media dapat dilakukan
dengan cara mengambil sejumlah larutan stok sehingga konsentrasinya menjadi
sesuai dengan yang terdapat pada formulasi media yang dikehendaki. Sedangkan
larutan buffer merupakan larutan yang digunakan untuk menjaga kondisi stabil
atau sebagai penyangga larutan atau sampel, seperti 10 x bufer TE dan 10 x
bufer TAE (Yusnita, 2003).
Oleh karena itu,
praktikum ini bertujuan untuk memahami karakteristik bahan yang digunakan dalam
praktikum serta dapat menyiapkan beberapa larutan yang akan digunakan dalam
praktikum, seperti 5 M NaOH, 0,5 M EDTA-Na2, 1 M Tris-HCl pH 7,5,
25% larutan sukrosa, 20% SDS, 5 N NaCl, 10 x buffer TE, dan 10 x bufer TAE.
II.
METODOLOGI
a.
Waktu
dan Tempat
Praktikum ini dilakukan pada hari Senin taggal 3
Oktober 2016 pukul 08.00 – 10.30 WIB. Praktikum ini dilakukan di laboraturium Fisiologi
dan Biologi Molekular Pusat Laboratorium Terpadu (PLT) Universitas Islam Negeri
Syarif Hidayatullah Jakarta.
b.
Alat
dan Bahan
Alat yang
digunakan dalam praktikum ini adalah neraca analitik, hotplate-magnetic
stirrer, lemari asam (fume hood), pH meter lab, mikropipet, vortex, waterbath,
gelas beaker 100 ml, Erlenmeyer 100 ml, gelas ukur 100 ml, labu ukur 50 ml,
labu ukur 100 ml, autoklaf.
Bahan yang
digunakan adalah Sodium hidroksida (NaOH), ethylene
diamine tetraacetic acid disodium salt (EDTA Na2), Trisma base,
Asam klorida (HCl), sukrosa, sodium
dodesil sulfat (SDS), Asam Asetat glasial, Sodium klorida (NaCI), Akuabides
(ddHH2O), tabung sentrifuga 15 ml, tabung sentrifuga 50 ml, botol
reagen 250 ml.
c. Cara Kerja
a). 5 M NaOH,10 ml (BM NaOH : 40
g/mol)
Ditimbang 2 g
NaOH, lalu dilarutkan dalam 6 ml akuades, kemudian ditambahkan hingga 10 ml,
dan disimpan dalam tabung 15 ml pada suhu ruang.
b). 0,5 M EDTA-Na2 pH=8,
50 ml (BM EDTA-Na2 : 372,24 g/mol)
Ditimbang
9,306 g EDTA, lalu dilarutkan dalam 20 ml akuades, kemudian diatur pH = 8
dengan NaOH 5 M, ditambahkan akuades hingga 50 ml dengan menggunakan labu ukur
50 ml, setelah itu dimasukkan dalam 2 tabung 50 ml dengan volume masing-masing
25 ml, disterilkan dengan autoklaf, dan disimpan dalam suhu ruang.
c). 1 M Tris-HCI pH=7,5 50 ml (BM
Trisma base : 121,1 g/mol)
Ditimbang
6,055 g Trisma base, lalu dilarutkan dalam 20 ml akuades, kemudian diatur pH =
7,5 dengan HCI (gunakan pH meter), setelah itu ditambahkan akuades hingga 50
ml, dan disterilkan dengan autoklaf.
d). 25% larutan sukrosa, 10 ml
Ditimbang
2,5 g sukrosa, lalu dilarutkan dalam 10 ml akuades, kemudian dimasukkan dalam
tabung 15 ml, setelah itu sterilkan dengan autoklaf, dan disimpan dalam suhu
ruang.
e). 20% SDS
Ditimbang
2 g SDS, lalu dilarutkan dalam 6 ml akuades steril (jika diperlukan, dilarutkan
dalam waterbath), kemudian ditambahkan akuades steril hingga 10 ml, setelah itu
dimasukkan dalam tabung 15 ml, dan disimpan dalam suhu ruang (jangan disimpan
dalam suhu dingin)
f). 5 N NaCI, 10 ml (BM NaCI :
58,44 g/mol)
Ditimbang
2,922 g NaCI, lalu dilarutkan dalam 6 ml akuades, kemudian ditambahkan akuades
hingga volume 10 ml, setelah itu dimasukkan dalam tabung 15 ml, dan disterilkan
dengan autoklaf.
g). 10x buffer TE, 10 ml
Komposisi : 10 mM Tris-HCI pH=7,5
1 mM EDTA pH=8
Konsentrasi stok
|
Konsentrasi Akhir
|
Volume larutkan stok
|
1 M Tris-HCI pH=7,5
|
10 mM Tris-HCI pH=7,5
|
0,1 ml
|
0,5 M EDTA pH=8
|
1 Mm EDTA pH=8
|
0,02 ml
|
Akuabides steril
|
|
…
|
Volume total
|
|
10 ml
|
dan disimpan dalam suhu ruang.
h). 10x buffer TAE, 100 ml
Konsentrasi stok
|
Konsentrasi Akhir
|
Volume larutkan stok
|
1 M Tris-HCI pH=7,5
|
0,4 M Tris-HCI pH=7,5
|
40 ml
|
0,5 M EDTA pH=8
|
0,01 M EDTA pH=8
|
….
|
Asam asetat glasial
(17,5 M)
|
0,2 M Asam asetat
|
….
|
Akuabides steril
|
|
….
|
Volume total
|
100 ml
|
dan disimpan dalam suhu ruang.
III.
HASIL DAN PEMBAHASAN
Tabel
1. Pembuatan 10 X buffer TE 10 ml
Konsentrasi stok
|
Konsentrasi akhir
|
Volume larutan stok
|
1 M Tris-HCl pH=7,5
|
10Mm Tris-HCl pH=7,5
|
0,1 ml
|
0,5 M EDTA pH= 8
|
1 mM EDTA
pH= 8
|
0.02 ml
|
Akuabides
|
9,88 ml
|
|
Volume total
|
10 ml
|
Tabel
2. Pembuatan 10 X buffer TAE 100ml
Konsentrasi stok
|
Konsentrasi akhir
|
Volume larutan stok
|
1 M Tris-HCl pH=7,5
|
0,4Mm Tris-HCl pH=7,5
|
4 ml
|
0,5 M EDTA pH= 8
|
0,01 mM
EDTA pH= 8
|
0,2 ml
|
Asam asetat glacial (17,5 M)
|
0,2 Asam asetat
|
0,114 ml
|
Akuabides
|
5,686 ml
|
|
Volume total
|
10 ml
|
Keberhasilan suatu
pekerjaan laboratorium sangat ditentukan oleh berbagai hal yang
kompleks, salah satunya yaitu bahan-bahan kimia dan larutan stok (Maftuchah,
2016). Pada praktikum kali ini, akan dilakukan
persiapan dan pembuatan bahan biologi molekular yang menggunakan HCL,
EDTA, Trisma base, dan asam asetat glacial.
Fungsi buffer pada elektroforesis
yaitu mengaktifkan DNA, menjaga pH dan memberikan ion untuk membantu
konduktivitas.
Senyawa 1 M Tris-HCl pH = 7,5 50 mL (BM Trisma base : 121,1 g/mol) adalah
senyawa yang memiliki sifat sangat basa. Untuk dapat digunakan larutan ini
harus diatur pHnya terlebih dahula yaitu
menjadi 7,5. Pengaturan pH dilakukan dengan cara penambahan larutan HCl sedikit demi sedikit
kemudian setelah pH telah
memenuhi standart maka larutan tersebut disterilkan menggunakan autoklaf
dan di simpan pada suhu ruang untuk selanjutnya digunakan untuk
praktikum biologi molekular (Sudarmadji et al, 1997).
Adapun HCL
memiliki karakteristik
fisika asam klorida, seperti titik didih, titik leleh, massa
jenis, dan pH tergantung pada konsentrasi atau molaritas HCl dalam larutan asam
tersebut. Sifat-sifat ini berkisar dari larutan dengan konsentrasi HCl
mendekati 0% sampai dengan asam klorida berasap 40% HCl. NaOH berwarna putih
dan sangat basa, keras, rapuh dan menunjukkan pecahan hablur, mudah larut dalam
air dan dalam etanol tetapi tidak larut dalam eter.
Senyawa NaOH membentuk basa kuat bila
dilarutkan dalam air, NaOH murni merupakan padatan berwarna putih. Senyawa ini
sangat mudah terionisasi membentuk ion natrium dan hidroksida. Sangat berbahaya
pada kulit kontak (korosif, permeator), kontak mata (korosif), menelan.
Pada tahapan ekstraksi DNA, seringkali digunakan buffer seperti ethylenediamine tetraacetic acid (EDTA) yang berperan
menginaktivasi enzim DNase yang dapat mendenaturasi DNA yang diisolasi, EDTA
menginaktivasi enzim nuklease dengan cara mengikat ion magnesium dan kalsium
yang dibutuhkan sebagai kofaktor enzim DNAase.
Buffer
TE merupakan campuran antara larutan Tris-HCl dengan EDTA dalam konentrasi
tertentu. Buffer ini berfungsi sebagai penstabil DNA atau RNA sehingga pH
terjaga, hal
ini dikarenakan DNA dan RNA bersifat asam lemah sehingga dalam waktu yang lama
dapat menyebabkan degradasi pada DNA/RNA.
Dalam pembuatan buffer TE dan TAE, neraca
analitik digunakan untuk
menimbang suatu zat yang membutuhkan ketelitian tinggi dalam skala yang kecil.
IV.
KESIMPULAN
Karakteristik
bahan yang dimiliki berbagai macam larutan berbeda-beda, seperti NaOH yang
bersifat basa kuat bila dilarutkan dalam air, buffer Tris-HCL dengan EDTA yang
berfungsi sebagai penstabil DNA atau RNA, sebab DNA atau RNA memiliki sifat
berupa asam lemah.
SARAN
Sebaiknya
dalam pembuatan larutan buffer harus selalu diperhatikan kondisi pH optimum
dari larutan buffer tersebut dan untuk larutan stok harus diperhatikan
penyatuan beberapa komponen media sekaligus dalam suatu larutan stok serta
harus mempertimbangkan kecocokan dan kestabilan sifat kimianya.
DAFTAR PUSTAKA
Chang, Raymond. 2004. Kimia
Dasar Jilid 2. Erlangga. Jakarta.
Lodish, H. D. Baltimore. 1995. Molecular
Cell Biology. Scientific American Books, New York.
Maftuchah, Aris Winaya, Agus
Zainudin. 2016. Analisis Biologi
Molekular. Malang. Universitas Muhammadiyah Malang
Sudarmadji, Slamet, Haryono, Bambang,
dan Suhardi. 1997. Prosedur Analisa untuk Bahan Makanan dan Pertanian.
Liberty. Yogyakarta.
Yusnita.
2003. Kultur Jaringan Cara Memperbanyak Tanaman Secara Efisien. PT. Agromedia. Tangerang.
Tidak ada komentar:
Posting Komentar