UJI
KUALITATIF DAN UJI KUANTITATIF DNA
QUALITATIVE AND QUANTITATIVE TEST OF DNA
drh. Rr. Bhintarti Suryo Hastari, M. Biomed, Festy
Aulyaur Rahmah, S.Si , Maulana Malik Assayiddin, Puri Dwi Nurmaulida,
Ratna Lestyana Dewi*
Program
Studi Biologi Fakultas Sains dan Teknologi Universitas Islam Negeri (UIN) Syarif
Hidayatullah Jakarta
Abstrak
Deoxyribonucleic acid (DNA)
merupakan senyawa kimia penting pada makhluk hidup karena mengandung informasi
genetik dari satu generasi ke generasi selanjutnya. Isolasi DNA dilakukan untuk memisahkan DNA dari bahan lain dengan
prinsip sentrifugasi dan presipitasi. Uji kuantitatif DNA adalah analisis untuk
menentukan kandungan atau jumlah DNA yang terdapat dalam suatu zat atau
komponen zat yang sebelumnya telah diketahui keberadaan DNA plasmidnya dalam
larutan dengan uji kualitatif. Tujuan praktikum ini adalah mampu melakukan
isolasi DNA kromosomal bakteri dan juga melakukan uji kuantitatif DNA
kromosomal. Metode dalam praktikum ini yaitu preparasi sampel, isolasi DNA,
amplifikasi, elektroforesis horizontal gel agarosa, uji kuantitatif dengan
sprektofotometer, dan sequencing DNA dengan metode sanger. isolasi DNA bakteri
16S RNA menghasilkan 3 tabung sampel ekstraksi dari bakteri Bacillus cereus dan
3 tabung sampel dari Acetobacter xylinum. Pada tahap amplifikasi dengan PCR,
dihasilkan 12 tabung sampel dengan 2 macam formula yang dibedakan berdasarkan
komposisi volume dari DNA template serta komposisi primer. Pada tahapan
elektroforesis dihasilkan 14 pita DNA ladder dan 4 pita sampel yang terlihat
sejajar dengan pita Marker. Nilai kemurnian DNA berada pada kisaran 0,304-0,771
sedangkan nilai konsentrasi berada pada kisaran 25-135 µg/ml. Secara keseluruhan sampel, nilai kemurnian
DNA berada di bawah 1,8, sehingga dapat dikatakan bahwa sampel DNA kurang murni
dan kurang bersih.
Kata kunci: Amplifikasi, DNA, Purifikasi
Abstract
Deoxyribonucleic acid (DNA) is an
important chemical compound found in living organisms because it contains
genetic information from one generation to the next. Isolation of DNA is done
to separate the DNA from other materials with the principle of centrifugation
and precipitation. Quantitative DNA test is an analysis to determine the
content or the amount of DNA present in a substance or substances which
components have previously been shown the presence of DNA plasmids in the
solution with the qualitative test. The purpose of this lab is able to isolate
the chromosomal DNA of bacteria and also perform a quantitative test of
chromosomal DNA. The method in this lab is sample preparation, DNA isolation,
amplification, horizontal agarose gel electrophoresis, quantitative assay with
sprektofotometer, and DNA sequencing by the Sanger method. DNA isolation of
bacterial 16S RNA extraction produces three sample tubes from the bacterium
Bacillus cereus and 3 tube samples of Acetobacter xylinum. At this stage of
amplification by PCR, produced 12 sample tubes with 2 different formula
compositions are distinguished by the volume of DNA template and primer
composition. At that stage produced 14 DNA electrophoresis ladder and four tape
samples seen juxtaposed with a ribbon Marker. DNA purity value in the range of
0.304 to 0.771, while the concentration in the range of 25-135 pg / ml. Overall
samples, DNA purity values were under 1.8, so it can be said that the DNA
sample is less pure and less clean.
Keywords: Amplification,
DNA, Purification
