REVIEW JURNAL

                                                TUGAS REVIEW JURNAL

Nama              : Ratna Lestyana Dewi                       Prodi   : Biologi 5A/ Semester 5

NIM                : 11140950000007                           Dosen  : Reno Fitri, M.Si

Tanggal          : 2 Januari 2017                                 Mata Kuliah  : Fisiologi Mikroba

                        Mikroba Sebagai Penghasil Senyawa Metabolit

                                                Sekunder (Antibiotik)

PENDAHULUAN

            Antibiotik merupakan substansi yang dihasilkan oleh organisme hidup yang dalam konsentrasi rendah dapat menghambat atau membunuh organisme lain (Zahner, 1972 dalam Hasim, 2003). Bagi negara berkembang munculnya bakteri yang resisten terhadap antibiotik merupakan masalah penting. WHO telah mengadakan penelitian terhadap 30 penyakit infeksi dan diketahui bahwa banyak strain bakteri penyebab penyakit infeksi yang resisten terhadap antibiotik (Heymann, 1996). Kemudian, terdapat pula permasalahan resistensi bakteri yang disebabkan oleh aktivitas enzim β-laktamase, dapat dikurangi dengan mencari antibiotik yang mampu menghambat aktivitas enzim.

UJI KUALITATIF DAN UJI KUANTITATIF DNA

UJI KUALITATIF DAN UJI KUANTITATIF DNA

QUALITATIVE AND QUANTITATIVE TEST OF DNA

drh. Rr. Bhintarti Suryo Hastari, M. Biomed, Festy Aulyaur Rahmah, S.Si , Maulana Malik Assayiddin, Puri Dwi Nurmaulida, Ratna Lestyana Dewi^*

Program Studi Biologi Fakultas Sains dan Teknologi Universitas Islam Negeri (UIN) Syarif Hidayatullah Jakarta

*Corresponding author : lestyanaratna@gmail.com

 

Abstrak

                Deoxyribonucleic acid (DNA) merupakan senyawa kimia penting pada makhluk hidup karena mengandung informasi genetik dari satu generasi ke generasi selanjutnya. Isolasi DNA dilakukan  untuk memisahkan DNA dari bahan lain dengan prinsip sentrifugasi dan presipitasi. Uji kuantitatif DNA adalah analisis untuk menentukan kandungan atau jumlah DNA yang terdapat dalam suatu zat atau komponen zat yang sebelumnya telah diketahui keberadaan DNA plasmidnya dalam larutan dengan uji kualitatif. Tujuan praktikum ini adalah mampu melakukan isolasi DNA kromosomal bakteri dan juga melakukan uji kuantitatif DNA kromosomal. Metode dalam praktikum ini yaitu preparasi sampel, isolasi DNA, amplifikasi, elektroforesis horizontal gel agarosa, uji kuantitatif dengan sprektofotometer, dan sequencing DNA dengan metode sanger. isolasi DNA bakteri 16S RNA menghasilkan 3 tabung sampel ekstraksi dari bakteri Bacillus cereus dan 3 tabung sampel dari Acetobacter xylinum. Pada tahap amplifikasi dengan PCR, dihasilkan 12 tabung sampel dengan 2 macam formula yang dibedakan berdasarkan komposisi volume dari DNA template serta komposisi primer. Pada tahapan elektroforesis dihasilkan 14 pita DNA ladder dan 4 pita sampel yang terlihat sejajar dengan pita Marker. Nilai kemurnian DNA berada pada kisaran 0,304-0,771 sedangkan nilai konsentrasi berada pada kisaran 25-135 µg/ml.  Secara keseluruhan sampel, nilai kemurnian DNA berada di bawah 1,8, sehingga dapat dikatakan bahwa sampel DNA kurang murni dan kurang bersih.

Kata kunci: Amplifikasi, DNA, Purifikasi

Abstract

            Deoxyribonucleic acid (DNA) is an important chemical compound found in living organisms because it contains genetic information from one generation to the next. Isolation of DNA is done to separate the DNA from other materials with the principle of centrifugation and precipitation. Quantitative DNA test is an analysis to determine the content or the amount of DNA present in a substance or substances which components have previously been shown the presence of DNA plasmids in the solution with the qualitative test. The purpose of this lab is able to isolate the chromosomal DNA of bacteria and also perform a quantitative test of chromosomal DNA. The method in this lab is sample preparation, DNA isolation, amplification, horizontal agarose gel electrophoresis, quantitative assay with sprektofotometer, and DNA sequencing by the Sanger method. DNA isolation of bacterial 16S RNA extraction produces three sample tubes from the bacterium Bacillus cereus and 3 tube samples of Acetobacter xylinum. At this stage of amplification by PCR, produced 12 sample tubes with 2 different formula compositions are distinguished by the volume of DNA template and primer composition. At that stage produced 14 DNA electrophoresis ladder and four tape samples seen juxtaposed with a ribbon Marker. DNA purity value in the range of 0.304 to 0.771, while the concentration in the range of 25-135 pg / ml. Overall samples, DNA purity values ​​were under 1.8, so it can be said that the DNA sample is less pure and less clean.

Keywords: Amplification, DNA, Purification

Loving My Self

Loving my Self

Assalamualaikum w.w., pembaca setiakuh yang saat ini entah di hatinya siapa(?)

Jadi gini, setelah beberapa minggu ini gak muncul gue mau mencoba untuk memulai pembahasan baru nih mengenai “loving my self”

.

.

.

Apasih loving my self itu?

UJI KUANTITATIF DNA BAKTERI

UJI KUANTITATIF DNA BAKTERI

Rr. Bhintarti Suryo Hastari, M. Biomed¹⁾ Maulana Malik Assayiddin²⁾, Puri Dwi Nurmaulida ²⁾,  Fuzi Muchlissoh³⁾, Muhammad Faiz³⁾, Mutia Afifah³⁾, Ratna Lestyana D.³⁾ , Rizky Hastuti P.³

¹⁾Dosen Praktikum Biologi Molekular; ²⁾Asisten Dosen Praktikum Biologi Molekular; ³⁾Praktikan

Program Studi Biologi Fakultas Sains dan Teknologi, Universitas Islam Negeri Syarif Hidayatullah Jakarta

Abstrak

                                                                                                                                                                 

Uji kuantitatif DNA adalah analisis untuk menentukan kandungan atau jumlah DNA yang terdapat dalam suatu zat atau komponen zat yang sebelumnya telah diketahui keberadaan DNA plasmidnya dalam larutan dengan uji kualitatif. Metode ini menggunakan bantuan alat spektrofotometer. Sampel ekstraksi dibagi ke dalam enam kelompok. Kelompok 1-3 adalah sampel Bacillus cereus (Bc 1,2,dan 3) dan kelompok 4-6 adalah Acetobacter xyulinum (Ax 4,5, dan 6). Nilai kemurnian DNA berada pada kisaran 0,304-0,771 sedangkan nilai konsentrasi berada pada kisaran 25-135 µg/ml.  Secara keseluruhan sampel, nilai kemurnian DNA berada di bawah 1,8, sehingga dapat dikatakan bahwa sampel DNA kurang murni dan kurang bersih.

Kata kunci : Bakteri, DNA, purifikasi

ISOLASI DNA KROMOSOMAL BAKTERI

ISOLASI DNA KROMOSOMAL BAKTERI

drh. Rr. Bhintarti Suryo Hastari, M. Biomed¹⁾ Maulana Malik Assayiddin²⁾, Puri Dwi Nurmaulida ²⁾ Fuzi Muchlissoh³⁾, Muhammad Faiz ³⁾, Mutia Afifah³⁾ Ratna Lestyana Dewi³⁾ , Rizky Hastuti Purwaningsih³⁾

¹⁾Mahasiswa Program Studi Biologi Dosen Praktikum Biologi Molekular Prodi Biologi

²⁾ Asisten Dosen Praktikum Biologi Molekular Prodi Biologi

³⁾ Mahasiswa Program Studi Biologi

Program Studi Biologi

Fakultas Sains dan Teknologi

Universitas Islam Negeri Syarif Hidayatullah Jakarta

Abstrak

Perkembangan ilmu biologi molekuler yang semakin maju memicu adanya rasa penasaran untuk mempelajari materi genetik (gen) penyusun dari suatu makhluk hidup. Tubuh makhluk hidup tersusun dari beberapa organel, salah satunya ribosom. Tujuan praktikum ini untuk dapat mengisolasi DNA pengkode gen 16S rRNA dari bakteri Bacillus cereus dan Acetobacter xylinum, mengamplifikasi DNA tersebut  dengan metode PCR, serta dapat mengidentifikasi fragmen DNA tersebut dengan menggunakan elektroforesis horisontal gel agarosa. Metode dalam praktikum ini yaitu preparasi sampel, isolasi DNA, amplifikasi, dan elektroforesis horizontal gel agarosa. isolasi DNA bakteri 16S RNA menghasilkan 3 tabung sampel ekstraksi dari bakteri Bacillus cereus dan 3 tabung sampel dari Acebacter xylinum. Pada tahap amplifikasi dengan PCR, dihasilkan 12 tabung sampel dengan 2 macam formula yang dibedakan berdasarkan komposisi volume dari DNA template serta komposisi primer. Pada tahapan elektroforesis dihasilkan 14 pita DNA ladder dan 4 pita sampel yang terlihat sejajar dengan pita Marker.

Kata kunci: DNA, elektroforesis, isolasi, PCR

ISOLASI PROTEIN DAN ANALISIS PROFIL PITA PROTEIN DENGAN METODE LOWRY DAN SDS-PAGE

ISOLASI PROTEIN DAN ANALISIS PROFIL PITA PROTEIN DENGAN METODE LOWRY DAN SDS-PAGE

drh. Rr. Bhintarti Suryo Hastari, M. Biomed¹⁾ Maulana Malik Assayiddin²⁾, Puri Dwi Nurmaulida ²⁾,  Fuzi Muchlissoh³⁾, Muhammad Faiz³⁾, Mutia Afifah³⁾, Ratna Lestyana D.³⁾ , Rizky Hastuti P.³

¹⁾Dosen Praktikum Biologi Molekular; ²⁾Asisten Dosen Praktikum Biologi Molekular; ³⁾Praktikan

Program Studi Biologi Fakultas Sains dan Teknologi, Universitas Islam Negeri Syarif Hidayatullah Jakarta

Abstrak

Protein adalah biomakromolekul polipeptida yang tersusun dari sejumlah L-asam amino yang dihubungkan oleh ikatan peptida. Praktikum ini bertujuan untuk dapat melakukan isolasi protein, menentukan kadar protein pada sampel tertentu, dapat menganalisis masing-masing profil pita protein dari tiap sampel dan mengetahui nilai mobilitas relatif (Rf). Sampel protein dibagi ke dalam 6 kelompok (S₁,S₂, S₃, S₄, U₁, dan S₆). Isolasi dan penetapan kadar protein dengan metode Lowry dan analisis profil pita protein melalui teknik SDS-PAGE pada gel poliakrilamid 12,5% terhadap sampel A₄. Larutan standar yang digunakan adalah Bovine Serum Albumin (BSA) pada panjang gelombang (l) 774 nm. Hasil persamaan linear kurva standar adalah y= 0,0018x + 0,0097 dengan nilai R = 0,9887. Kadar protein pada sampel S₁ (41,63%), S₂ (39,35%), S₃ (16,92%), S₄ (0,55%), U₁ (-1,66%), dan S₆ (0,98%). Pita protein pada sampel A₄ dengan BM 45 kDa memperlihatkan intensitas warna yang paling jelas dan paling tebal, sehingga dapat digunakan sebagai acuan bagi sampel yang memiliki BM di bawah 45 kDa. Pita-pita protein dengan BM di bawah 45 kDa berada pada urutan ke-1 sampai ke-3 dari bawah. Berdasarkan keadaan tersebut maka diperoleh lima pita yang digunakan untuk menentukan BM protein pada tiap sampel. Nilai Rf dari sampel A₄ berada pada kisaran 0,06-0,44 yang menunjukkan bahwa hasil pemisahan protein berlangsung baik.

Kata kunci : Kadar protein, Metode Lowry, Profil protein, SDS-PAGE

PENGENALAN BAHAN-BAHAN ANALISIS MOLEKULAR

PENGENALAN BAHAN-BAHAN ANALISIS MOLEKULAR

Fuzi Muchlissoh¹⁾, Muhammad Faiz ¹⁾, Mutia Afifah¹⁾ Ratna Lestyana Dewi¹⁾ , Rizky Hastuti Purwaningsih¹⁾ drh. Rr. Bhintarti Suryo Hastari, M. Biomed²⁾ Maulana Malik Assayiddin³⁾, Puri Dwi Nurmaulida ³⁾

¹⁾Mahasiswa Program Studi Biologi

²⁾Dosen Praktikum Biologi Molekular Prodi Biologi

³⁾Asisten Dosen Praktikum Biologi Molekular Prodi Biologi

Program Studi Biologi

Fakultas Sains dan Teknologi

Universitas Islam Negeri Syarif Hidayatullah Jakarta

Abstrak

Larutan adalah campuran homogen antara dua zat atau lebih yang berbeda jenis. Tujuan praktikum ini untuk memahami karakteristik bahan yang digunakan serta dapat menyiapkan beberapa larutan yang akan digunakan, seperti 5 M NaOH, 0,5 M EDTA-Na₂, 1 M Tris-HCl pH 7,5, 25% larutan sukrosa, 20% SDS, 5 N NaCl, 10 x buffer TE, dan 10 x bufer TAE. Alat yang digunakan adalah neraca analitik, hotplate-magnetic stirrer, lemari asam (fume hood), pH meter, mikropipet, vortex, waterbath, gelas beaker 100 ml, Erlenmeyer 100 ml, gelas ukur 100 ml, labu ukur 50 ml dan 100 ml, autoklaf. Bahan yang digunakan adalah sodium hidroksida (NaOH), ethylene diamine tetraacetic acid disodium salt (EDTA Na₂), Trisma base, Asam klorida (HCl), sukrosa, sodium dodesil sulfat (SDS), Asam Asetat glasial, Sodium klorida (NaCI), Akuabides (ddHH₂O), tabung sentrifuga 15 ml dan 50 ml, botol reagen 250 ml. Hasil yang diperoleh adalah fungsi buffer pada elektroforesis yaitu mengaktifkan DNA, menjaga pH dan memberikan ion untuk membantu konduktivitas. Kesimpulan yang didapat adalah bahwa karakteristik bahan yang dimiliki berbagai macam larutan berbeda-beda, seperti NaOH yang bersifat basa kuat bila dilarutkan dalam air, buffer Tris-HCL dengan EDTA yang berfungsi sebagai penstabil DNA atau RNA, sebab DNA atau RNA memiliki sifat berupa asam lemah.